Esto es algo que me mantuvo buscando por cierto tiempo, el poner los paneles transparentes como en versiones anteriores de Ubuntu, afortunadamente pude encontrar la solución y aquí la comparto con todos. Solo debemos seguir estos pasos:

  1. Abrimos una terminal
  2. Tecleamos cp -R /usr/share/themes/Ambiance ~/.themes/
  3. Después gedit ~/.themes/Ambiance/gtk-2.0/gtkrc para abrir el archivo Ambiance’s Más >